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导致多发性硬化症发病机制的细胞罪魁祸首包括大脑和脊髓中一种罕见且异质的星形神经胶质细胞，称为星形胶质细胞。识别、分离和分析星形胶质细胞亚型的技术困难是确定这种慢性、逐渐衰弱的炎症性疾病的治疗靶点的主要障碍，在这种疾病中，免疫系统会攻击保护神经元投射的髓鞘。

发表在《NatureIdentificationofastrocyteregulatorsbynucleicacidcytometry》的一篇文章报道了一种新的高通量微流控细胞计数方法，该方法涉及将细胞包裹在液滴中，在液滴分选后使用PCR和深度转录组学检测目标核酸，以分析和识别单个细胞。

这种方法称为FIND-seq(通过核酸检测和测序对细胞进行重点询问)，由哈佛大学神经病学教授、布莱根妇女医院副科学家FranciscoQuintana博士领导的团队开发。Quintana说：“这些发现确定了MS等神经系统疾病治疗干预的新靶点。”

通常，识别稀有细胞类型(例如导致MS的致病性星形胶质细胞群)涉及检测独特的细胞表面标记，这些标记可以最终将这些细胞罪魁祸首与其他相关细胞类型区分开来。然而，很少有独特的细胞表面标记可用于星形胶质细胞亚群的分离，这对研究这些细胞提出了技术挑战。单细胞RNA测序可以帮助识别细胞，即使在没有区分细胞表面标记的情况下也是如此，但该技术可能非常昂贵。

为了解决这个问题，Quintana和他的团队将核酸细胞计数、微流控、液滴分选和数字液滴PCR相结合，开发了FIND-seq。新方法可以根据mRNA生物标志物的表达分离和分析稀有的目标细胞。

“我们应用FIND-seq来研究星形胶质细胞的调节，”作者指出。

患者和用于研究MS的EAE(实验性自身免疫性脑脊髓炎)模型的MS病理机制的一个关键组成部分是驱动转录因子XBP1激活的RNA剪接。为了确定XBP1在MS病理学中的作用，作者在条件敲除小鼠模型、CRISPR/Cas9驱动的遗传扰动研究以及小鼠EAE的批量和单细胞RNA测序研究中使用了FIND-Seq和人类MS样本。

“我们确定了核受体NR3C2及其辅阻遏物NCOR2在限制XBP1驱动的致病性星形胶质细胞反应方面的新作用，”作者指出。使用FIND-seq，研究人员展示了识别限制星形胶质细胞中XBP1驱动的致病机制的治疗靶机制的能力。

在同一期《自然》杂志上发表的另一项研究中，研究人员使用FIND-seq确定了HIV用于隐藏在接受抗逆转录病毒疗法治疗的患者的免疫细胞中的机制(“受感染的T细胞库中的HIV沉默和细胞存活特征”).

FIND-Seq的应用可以使用独特的基因表达特征，在获取以前无法获取的涉及各种疾病的细胞方面产生广泛的影响。细胞鉴定不再需要局限于细胞表面标记。